Dne 11. října 2013 vstoupil v platnost protokol ke smlouvě o zamezení dvojího zdanění mezi Českou republikou a Švýcarskem. Aplikovat se začne od 1. ledna 2014. Protokol obsahuje řadu interpretačních pravidel (např. vysvětlení pojmů „rezident“ a „penzijní fond“) a mění tyto články: 5 Stálá provozovna, 9 Sdružené podniky, 10 Dividendy, 11 Úroky, 12 Licenční poplatky, 17 Umělci a sportovci, 23 Vyloučení dvojího zdanění, 24 Zákaz diskriminace a 26 Výměna informací. Nejvýznamnější jsou následující změny:

• U „stavební“ stálé provozovny je specificky zmíněn i instalační projekt a dozor. U tohoto typu stálé provozovny zůstává i nadále časový test v délce 12 měsíců.
• U dividend zůstává základní sazba srážkové daně ve výši 15 %. Nově lze docílit nulové daně u dividend vyplácených dceřinými společnostmi společnostem mateřským při splnění podmínky vlastnictví 10% podílu nepřetržitě po období alespoň jednoho roku. Článek Dividendy dále obsahuje novou kategorii příjemce dividend, který bude osvobozen u zdroje, a tím je penzijní fond nebo jiná instituce poskytující penzijní plány.
• Nově je výslovně uvedeno, že za úrok se nepovažuje sankční úrok.
• Protokol znovu potvrzuje pravidlo, že pokud ve vnitrostátním právu (švýcarské strany) nebude srážková daň na licenční poplatky, srážka u zdroje (prakticky pouze v ČR) může činit maximálně 5 %.
• Nově protokol obsahuje deklaraci, že lze jednostranně použít metodu vynětí příjmů pokud to lokální legislativy umožňují.  
• Článek Zákaz diskriminace obsahuje vysvětlující ustanovení ve vztahu k účastníkům penzijních plánů.
• Protokol obsahuje praktické informace, jak postupovat v případě výměny informací na požádání, a dále zdůrazňuje, že článek nepřikazuje smluvním státům vyměňovat informace automaticky či spontánně.